Due Troni segue il secondo finale di Spirito Guerriero, nel quale il Principe uccide il Dahaka e riesce con successo ad alterare il destino di Kaileena (L'Imperatrice del Tempo). Mentre sono su una nave in rotta per la sua città natale, Babilonia, il Principe getta il suo medaglione magico fuori bordo, credendo che non gli servirà. Aveva promesso a Kaileena che nessuno le avrebbe fatto del male a Babilonia, ma mentre ritornano, rimane inorridito nel trovare la città in fiamme infuriata dalla guerra. La sua nave è attaccata e lui e Kaileena vengono gettati fuori bordo. Kaileena viene fatta prigioniera dopo essere naufragati sulla spiaggia.
Il protagonista durante un combattimentoDopo aver combattuto attraverso le vie della città, il Principe scopre che come risultato dei suoi sforzi nell'Isola del Tempo per prevenire la creazione delle Sabbie del Tempo, gli eventi del primo gioco, non sono mai accaduti quindi il Visir non è mai stato ucciso. Peggio, lui ora possiede la clessidra vuota, il pugnale del Tempo e il bastone magico. Il Visir è ora alla ricerca delle Sabbie del Tempo e ha catturato l'Imperatrice del tempo per averle. Appena il Principe trova Kaileena, il Visir la uccide e rilascia le Sabbie del Tempo, che colpiscono e mutano i soldati del Visir in orribili mostri di sabbia. Dopo, colpendosi con il Pugnale da solo, il Visir si trasforma in una terrificante creatura alata immortale. Il Principe viene colpito anche lui dalle Sabbie del Tempo, sebbene gli effetti su di lui non saranno rivelati fino a dopo.
Le Sabbie del Tempo, liberate, causano il crollo del palazzo e quindi il Principe cade ma riesce comunque a rubare il Pugnale del Tempo. In seguito, il Principe scopre che le Sabbie del Tempo lo hanno diviso in due personalià: il suo solito se stesso, che per quanto pieno di difetti si sforza ad essere buono e nobile; e il "Dark Prince" che rappresenta gli aspetti più crudeli, avari e arroganti della sua psiche e si manifestano con una voce profonda, cinica e aspra. Ogni volta che il Dark Prince è dominante - in assenza di acqua e quando è nutrito dalla rabbia e dalla paura del Principe - il Principe assume la sua oscurità, mutando il suo corpo ma lasciando la sua mente intatta. Nel suo stato naturale, il danno subito delle Sabbie è limitato ad una ferita luminosa sul suo braccio e la sua spalla sinistra, dove le Sabbie hanno fuso una catena di lame taglienti, conosciuta come la "Diggertail", nella sua carne. Il Principe è allarmato nello scoprire che la ferita aumenta sempre di più ogni volta che si trasforma nel Dark Prince.
Nel frattempo, il Visir ha trasformato il suo esercito (e anche qualcuno della popolazione di Babilonia) in mostri di sabbia. Mentre cerca un metodo per sconfiggere il Visir, il Principe, una volta incontrata di nuovo Farah, che non si ricorda di lui e rimane sorpresa nel sapere che il Principe conosce il suo nome. Anche se inizialmente lei è restia con il Principe, dopo accetta di aiutarlo a sconfiggere il Visir.
Mentre viaggiano insieme, il Principe continua a resistere alla lotta interna tra le sue nobili aspirazioni (che risuonano con la brava e compassionevole Farah, che sta maturando sentimenti nei suoi confronti) e il Dark Prince, la cui voce è un costante ricordo delle tendenze più oscure del Principe. L'affetto crescente del Principe per Farah lo costringe a comprendere una prospettiva altruistica, iniziando con l'interesse per Farah e aumentando in compassione per la sua gente oppressa. Il Principe si accorge, però, che il Dark Prince, che afferma di essere parte di lui, è infatti un mostro di sabbia che sta sfuggendo al suo controllo. Un particolare gesto eroico ed altruista segnano una svolta decisiva nella missione perché il suo eroismo ispira una nuova speranza nella popolazione. Con i loro spiriti risollevati nel sapere che il loro Principe combatte per salvarli dal Visir, loro creano un esercito in sua difesa e forniscono abbastanza diversivo per permettere al Principe e a Farah di entrare attraverso le orde dei guerrieri di Sabbia a guardia del palazzo.
ZervanIl Principe e Farah non appena entrano nella sala del trono, vengono attaccati da un'imboscata del Visir che cattura Farah e getta il Principe in un pozzo vuoto e sopravvive solo trasformandosi nel Dark Prince. Mentre procede nel pozzo, la voce del Dark Prince cresce sempre più forte e ostile, alimentata dalla mancanza d'acqua e dalla disperazione del Principe. Il Principe alla fine riesce, in una stanza buia, a ritrovare suo padre, il re Shahraman, senza vita sul pavimento. Sopraffatto dal dolore e schernito dal Dark Prince, il Principe finalmente riconosce la sua propria immaturità e i suoi costanti sforzi per non commettere errori. Decide di non passare mai più lungo quel percorso e accetta la conseguenze delle sue azioni. Con questa decisione, zittisce il Dark Prince e riprende la sua forma naturale senza l'uso dell'acqua. In seguito prende la spada del padre, raggiunge la torre e completa la sua missione.
Usando il Pugnale del Tempo e la spada del padre, il Principe riesce a sconfiggere il Visir e a liberare Farah. Con la morte del Visir, il suo esercito svanisce e l'anima di Kaileena è liberata dal suo corpo grottesco. Lo spirito di Kaileena ringrazia il Principe ripulendolo dalla corruzione delle Sabbie e rimuovendogli la Diggertail poi lascia il mondo attuale per un altro più adatto alla sua presenza e porta il Pugnale del Tempo con lei. Comunque, mentre il Principe si piega per raccogliere la corona del padre, si imbatte in un guerriero oscuro, come profetizzato alla fine di Spirito Guerriero. Il guerriero oscuro si trasforma nel Dark Prince che srotola la sua Diggertail e tira il Principe nella propria mente dove i due combattono per il controllo. Con alcuni aiuti da parte di Farah, il Principe capisce che la battaglia all'interno del demone serve solo ad alimentarlo e lo intrappolerà per sempre nel suo regno. Alla fine segue Farah e scende una scala che porta ad una luce brillante. Privato della rabbia, avidità e superbia, il Dark Prince è finalmente sconfitto. Il Principe si sveglia nel mondo reale nel caldo abbraccio di Farah.
Reduci dalle Sabbie del Tempo sono considerati un tributo e riferimento al primo gioco nella trilogia. Mentre guardano fuori verso Babilonia, Farah chiede al Principe come sapeva veramente il suo nome. Lui inizia a raccontarle la storia del primo gioco usando lo stesso monologo dell'introduzione e della fine di quel gioco, portando la trilogia ad un cerchio completo:
« Molti pensano che il tempo sia come un fiume che scorre lento in un'unica direzione. Ma io che l'ho visto da vicino, posso assicurarti che si sbagliano. Il tempo è un mare in tempesta. Ti chiederai chi sono e perché io parli così. Siediti, e ti racconterò la storia più incredibile che tu abbia mai sentito... »
